歴代会長
| 回 | 会期 | 会長 | 会場 |
| 第1回 | 1996年2月17日 | 高須俊明（日本大学神経内科） | 東京 |
| 第2回 | 1997年2月21,22日 | 塩澤全司（山梨医科大学神経内科） | 東京 |
| 第3回 | 1998年2月20,21日 | 庄司紘史（久留米大学第一内科） | 東京 |
| 第4回 | 1999年7月16,17日 | 糸山泰人（東北大学神経内科） | 仙台 |
| 第5回 | 2000年7月14,15日 | 森島恒雄（名古屋大学保健学科） | 名古屋 |
| 第6回 | 2001年7月13,14日 | 富樫武弘（市立札幌病院小児科） | 札幌 |
| 第7回 | 2002年10月4,5日 | 岩田 誠（東京女子医科大学神経内科） | 東京 |
| 第8回 | 2003年10月10,11日 | 古川 漸（山口大学小児科） | 宇部 |
| 第9回 | 2004年10月8,9日 | 松永宗雄（弘前大学脳研神経統御部門） | 弘前 |
| 第10回 | 2005年10月20,21日 | 水澤英洋（東京医科歯科大学神経内科） | 東京 |
第11回 |
2006年10月13,14日 | 葛原茂樹（三重大学神経内科） | 伊勢 |
| 第12回 |
2007年10月12,13日 | 原 寿郎（九州大学小児科） | 福岡 |
| 第13回 |
2008年10月10,11日 | 水谷智彦（日本大学神経内科） | 東京 |
| 第14回 |
2009年10月16,17日 | 中野今治（自治医科大学神経内科） | 宇都宮 |
| 第15回 |
2010年10月8,9日 | 細矢光亮（福島県立医科大学小児科） | 福島 |
| 第16回 |
2011年11月4,5日 | 辻 省次（東京大学神経内科） | 東京 |
| 第17回 |
2012年10月19,20日 | 中川正法（京都府立大学大学院 神経内科学） | 京都 |
| 第18回 |
2013年10月11,12日 | 布井博幸（宮崎大学医学部生殖発達医学講座小児科学分野） | 宮崎 |
| 第19回 |
2014年9月4～6日 | 大原義朗（金沢医科大学微生物学講座） | 金沢 |
| 第20回 |
2015年10月22,23日 | 池田修一（信州大学医学部脳神経内科、リウマチ・膠原病内科） | 長野 |
| 第21回 |
2016年10月21,22日 | 山田正仁（金沢大学医学部神経内科） | 金沢 |
| 第22回 |
2017年10月13,14日 | 楠原浩一（産業医科大学医学部小児科） | 北九州 |
| 第23回 |
2018年10月19,20日 | 亀井 聡（日本大学医学部 内科学系神経内科学分野） | 東京 |
| 第24回 |
2019年10月11,12日 | 西條政幸（国立感染症研究所ウイルス第一部） | 東京 |
| 2020年度 中止 |
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| 第25回 |
2021年10月1,2日 | 吉川哲史（藤田医科大学 医学部医学科 小児科学） | WEB開催 |
| 第26回 |
2022年10月14,15日 | 髙嶋 博（鹿児島大学大学院 医歯学総合研究科） | 鹿児島 |
| 第27回 |
2023年10月13,14日 | 山野 嘉久（聖マリアンナ医科大学 難病治療研究センター 病因・病態解析部門） | 横浜 |
第1～7回は日本神経感染症研究会、第8回以降日本神経感染症学会
